1、注射用的干扰素，最常见的副作用是发热，大多是低热，也就是小于38摄氏度会在几小时内都持续发热，多数人能在24小时自行退热，另外也有一些人会有恶心、呕吐、头痛、全身肌肉酸痛、关节疼痛等等感冒症状。持续3到5天一般能自行缓解。
2、干扰素可能会抑制骨髓的造血功能，导致白细胞数目减少，血小板和血红蛋白降低。
3、如果是阴道局部使用干扰素凝胶或者干扰素泡腾片的，还可以出现阴道局部有刺痛、外阴瘙痒等等不适症状。
